Beschreibung
Die Konstruktion von cDNA-Bibliotheken ist nützlich, um die Genexpression in Organismen unter verschiedenen Bedingungen zu verstehen, aber die zufällige Sequenzierung von unbiased cDNAs ist aufwändig und führt zu Redundanz. Unser Ziel war es, cDNAs zu isolieren, die durch die Umstellung von Aspergillus nidulans von Glucose auf ausgewählte Polysaccharide induziert werden. Wir entwickelten eine negative Subtraktionshybridisierungsmethode, bei der eine Bibliothek aus cDNAs von Zellen, die unter einer ausgewählten physiologischen Bedingung gewachsen sind, mit markierten cDNA-Sonden aus einer anderen physiologischen Bedingung gescreent wurde. In einem Screening nach Transkripten, die durch die Umstellung der Kohlenstoffquelle induziert wurden, wurden 3.532 Negative isoliert. Einkanalige Microarray-Experimente wurden durchgeführt, um zu bestätigen, dass die Mehrzahl der Negative tatsächlich differenziell induziert wurden. Um einen Einblick in die Regulation zu erhalten, haben wir Microarrays verwendet, um die Veränderungen der Genexpression nach einem Wechsel von Glukose zu Pektin oder nach Glukose-Starvation zu identifizieren. Die Ergebnisse dieser Studie zeigen die nützliche Nutzung der leistungsstarken Microarray-Technologie zur Untersuchung von Genexpressionsprofilen unter verschiedenen physiologischen Bedingungen.
Autorenporträt
Anamika Ray, PhD, Oklahoma State University, pracuje jako Postdoctoral Research Scientist w Departamencie Biochemii i Biologii Molekularnej na Oklahoma State University. Wspólautorzy: P.Ayoubi, R.Prade, A.J. Mort.
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